NEF CENTRALE Construite au XIVème siècle, elle est haute de 26 m 50 et comprend sept travées de trois étages. Au-dessus des arcs en ogive, qui séparent la nef des bas-côtés, court une galerie qui fait le tour de l'édifice : le triforium.Sous les voûtes, des vitraux de la Renaissance, restaurés à la fin du XIXème siècle, conservent quelques belles couleurs. Les sujets sont empruntés à la Genèse (Adam et Eve) et à l'Evangile (scènes de l'enfance de Jésus et de la Passion). La chaire (plan n°20), en acajou des îles Canaries, avec ses belles sculptures, date de 1760. Aux clefs de voûte on reconnaît les armes d'Angleterre (trois léopards), de France (fleurs de Lys) et celles du cardinal bayonnais Godin, bienfaiteur de la Cathédrale et en particulier, dans le transept sud, la nef bayonnaise. Les orgues sont de 1865 : la tribune et le buffet datent de 1705.

CHOEUR ET DEAMBULATOIRE C'est la partie la plus ancienne de l'édifice, celle où l'influence champenoise est la plus visible, en particulier dans les clefs de voûte où se rejoignent les nervures des voûtes des chapelles et du déambulatoire. Les six piliers du choeur sont cylindriques avec quatre colonnettes engagées. Le déambulatoire comprend deux chapelles quadrangulaires (n°4 et 10) et cinq chapelles polygonales reliées par un chemin de ronde. Les peintures (n° 5-6-7-8 et 9) sont de Steinhel père (XIXème siècle), relayé pa rson fils pour la chapelle Saint-Martin (n°10). Dans la chapelle Sainte-Anne, (n°4) voisine de la sacristie, un tableau représente l'éducation de la Vierge, peint par Bardin (1732-1809). Sous le choeur (n°22), une crypte renferme des tombes d'évêques ; une plaque indique leur nom.

BAS-COTE GAUCHE Au-dessus de la porte, on peut voir un Portement de Croix (anonyme, 18ème siècle). Ensuite on arrive à la chapelle de Saint-Jean-Baptiste (n°13) dont la clef de voûte représente un aigle, symbole de Jean l'Evangeliste. La chapelle suivante, celle de Saint-Jérome (n°14), offre le plus beau vitrail : la prière de la Cananéenne pour sa fille (Mathieu 15,22). C'est un véritable tableau avec plusieurs plans en profondeur. Au centre, la Cananéenne à genoux devant Jésus entouré de ses apôtres. Le paysage (pierres et arbustes) veut évoquer l'Orient méditerranéen. Dans le lointain, on entrevoit une grande ville. A gauche l'enfant est délivrée : on voit s'esquiver un démon aux ailes de chauve-souris. Au bas du vitrail les deux donateurs agenouillés, les époux Ducasse, et leur devise : Nunc et semper (maitenant et toujours). Au dessus, l'emblème de François 1er, la salamandre.Le vitrail porte la date de 1531. Au mur de l'avant-dernière chapelle (n°18), une plaque commémorative rappelle la victoire des Français sur les Anglais en 1451. On y trouve un hommage à Jeanne d'Arc dont une statue orne la même chapelle. La dernière chapelle, celle des Fonts baptismaux (n°19) relève du gothique flamboyant (fenêtre). La chapelle fut fondée par la famille Laduch pour y placer le tombeau familial. A l'intérieur de la niche funéraire une fresque de la Crucifixion fin du XVème siècle) représente le Christ en croix entre la Vierge et Saint-Jean. A côté, les donateurs. (Eclairage électrique à droite de la chapelle).

BAS-COTE DROIT En partant du porche ouest, on trouve d'abord, derrière une porte (n°2), une chapelle construite au XVIIème siècle (voûte et fenêtre de style flamboyant). Un grand tableau moderne de Mariano Andreu représente le coup de lance. A gauche, un soldat transperce le cadavre de Jésus en croix ; à droite, posée sur un rocher, l'éponge qui avait été tendu au crucifié, disant : "j'ai soif". Un vitrail récent composé comme une panoplie, présente les armoiries des derniers évêques de Bayonne. Au-delà du passage qui mène au cloître, se trouve la chapelle de Saint-Léon martyr, premier Evêque de Bayonne. Sa construction, au siècle dernier, a entraîné la démolition d'une partie du cloître. Le Saint Sacrement est placé dans cette chapelle. Au-dessus du tabernacle une beau tableau de Brenet (18ème siècle) : la fuite en Egypte. A la hauteur de la sacristie, dans le transept, la clef de voûte (XIVème siècle), représente une nef bayonnaise avec son équipage, placée sous la protection des quatre évangelistes dont les emblèmes et les noms entourent le vaisseau. Souvenir d'une époque où le port de Bayonne commerçait avec l'Angleterre, l'Espagne et les Flandres. (De chaque côté de la porte de la sacristie un système d'éclairage permet d'illuminer les parties hautes du choeur ainsi que l'abside).